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对种子有腐蚀作用的肥料碳酸氢铵、氨水等，具有挥发性和腐蚀性，易熏伤种子和幼苗，过磷酸钙含有游离态的硫酸和磷酸，对种子发芽和幼苗生长会造成伤害，一般不宜做种肥。这类肥料要在翻耕时施入，或施在播种沟下层，不与种子直接接触，或与土杂肥混合施用。
对种子有毒害作用的肥料尿素在生产造粒过程中，温度过高就会产生少量缩二脲，缩二脲的含量若超过2%，对种子和幼苗就会产生毒害。另外，含氮量高的尿素分子透入种子的蛋白质分子中，使蛋白质变性，对种子发芽和幼根产生毒害。如果确实需要将尿素当做种肥施用，必须在足墒的条件下，且应与种子隔离，严格控制在每亩不超过5公斤，与细土混匀，撒在种子下面2～3厘米。
含有害离子的肥料氯化钾、氯化铵等化肥含有氯离子，施入土壤后会产生水溶性氯化物，对种子发芽和幼苗生长不利，甚至烧种烧苗；硝酸铵、硝酸钾等肥料含有硝酸根离子，对种子发芽有毒害作用。
强碱性的肥料强碱性肥料有窑灰钾肥、钢渣磷肥等。窑灰钾肥含钙较多，吸水性强，吸水后放出大量热量，易烧坏种子和幼根。须作种肥时，必须与高于10倍的有机肥料充分混合，施入播种沟下层，勿与种子直接接触，并注意播种后及时覆土，以防危害。
未腐熟的人畜粪未经腐熟的生粪作种肥，因肥料在发酵过程中会释放大量热能，不仅极易造成烧根，而且释放氨气还会灼伤幼苗。人畜粪等农家肥，要经过堆沤高温发酵，充分腐熟后方可用作种肥。
